Mercredi 18 septembre 2013.- Des chercheurs de l'Université de Californie à San Diego, aux États-Unis, proposent une nouvelle approche appelée stratification basée sur le réseau (NBS) pour identifier les sous-types de cancer par la façon dont les mutations affectent les réseaux ou systèmes génétiques partagés plutôt que par les mutations singulières de chaque patient, comme publié dans l'édition numérique avancée de ce dimanche de «Nature Methods».
Les tumeurs cancéreuses ne partagent presque jamais les mêmes mutations génétiques exactes, ce qui a confondu les efforts scientifiques pour mieux classer les types de cancer et développer des traitements plus spécifiques et efficaces.
"Le sous-typage est l'étape la plus fondamentale vers l'objectif de la médecine personnalisée", a déclaré le chercheur principal Trey Ideker, chef de la division Génétique à la University of California School of Medicine, San Diego, et professeur aux départements de Médecine et bioingénierie du même centre universitaire.
"Sur la base des données des patients, les patients sont placés dans des sous-types avec des traitements associés. Par exemple, un sous-type de cancer est connu pour bien répondre au médicament A, mais pas au médicament B. Sans sous-types, chaque patient a le même aspect, par définition, et nous ne savons pas comment traiter différemment ", at-il expliqué.
Les progrès récents des connaissances et de la technologie ont rendu plus facile (et moins coûteux) la séquence des génomes individuels, en particulier dans le traitement du cancer, qui est fondamentalement une maladie des gènes.
Mais les gènes sont "extrêmement hétérogènes", a déclaré Ideker. Les gènes mutés, influencés par d'autres facteurs, provoquent des maladies telles que le cancer, une pathologie génétiquement unique chez chaque patient, un fait qui peut affecter l'efficacité et les résultats du traitement clinique.
"Lorsque nous examinons les données des patients au niveau des gènes, tout le monde est différent", a déclaré Ideker. "Mais si vous regardez les réseaux et les systèmes biologiques affectés, ils semblent être des clusters. Il n'y a pas de gènes mutés au même endroit, mais les mutations apparaissent dans les mêmes voies génétiques", a expliqué cet expert.
Plus précisément, les scientifiques ont observé des mutations somatiques, présentes dans les tumeurs, mais pas dans les tissus sains, dans les données de patients atteints de cancer du poumon, de l'utérus et de l'ovaire compilées par le Cancer Genome Atlas, un programme continu des National Institutes of Santé américaine pour collecter et cataloguer les génomes de milliers de patients cancéreux.
Ideker a déclaré que l'approche NBS a une utilité clinique immédiate. Le séquençage du génome des patients cancéreux devient rapidement un élément standard du diagnostic.Par conséquent, selon ce scientifique, les médecins peuvent utiliser le NBS pour mieux adapter un traitement avec le sous-type de cancer et, selon les résultats du traitement, Ramenez les résultats dans la base de données pour affiner et améliorer les thérapies contre le cancer afin qu'elles soient aussi personnalisées que possible pour les individus eux-mêmes.
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Les tumeurs cancéreuses ne partagent presque jamais les mêmes mutations génétiques exactes, ce qui a confondu les efforts scientifiques pour mieux classer les types de cancer et développer des traitements plus spécifiques et efficaces.
"Le sous-typage est l'étape la plus fondamentale vers l'objectif de la médecine personnalisée", a déclaré le chercheur principal Trey Ideker, chef de la division Génétique à la University of California School of Medicine, San Diego, et professeur aux départements de Médecine et bioingénierie du même centre universitaire.
"Sur la base des données des patients, les patients sont placés dans des sous-types avec des traitements associés. Par exemple, un sous-type de cancer est connu pour bien répondre au médicament A, mais pas au médicament B. Sans sous-types, chaque patient a le même aspect, par définition, et nous ne savons pas comment traiter différemment ", at-il expliqué.
Les progrès récents des connaissances et de la technologie ont rendu plus facile (et moins coûteux) la séquence des génomes individuels, en particulier dans le traitement du cancer, qui est fondamentalement une maladie des gènes.
Mais les gènes sont "extrêmement hétérogènes", a déclaré Ideker. Les gènes mutés, influencés par d'autres facteurs, provoquent des maladies telles que le cancer, une pathologie génétiquement unique chez chaque patient, un fait qui peut affecter l'efficacité et les résultats du traitement clinique.
"Lorsque nous examinons les données des patients au niveau des gènes, tout le monde est différent", a déclaré Ideker. "Mais si vous regardez les réseaux et les systèmes biologiques affectés, ils semblent être des clusters. Il n'y a pas de gènes mutés au même endroit, mais les mutations apparaissent dans les mêmes voies génétiques", a expliqué cet expert.
Plus précisément, les scientifiques ont observé des mutations somatiques, présentes dans les tumeurs, mais pas dans les tissus sains, dans les données de patients atteints de cancer du poumon, de l'utérus et de l'ovaire compilées par le Cancer Genome Atlas, un programme continu des National Institutes of Santé américaine pour collecter et cataloguer les génomes de milliers de patients cancéreux.
Ideker a déclaré que l'approche NBS a une utilité clinique immédiate. Le séquençage du génome des patients cancéreux devient rapidement un élément standard du diagnostic.Par conséquent, selon ce scientifique, les médecins peuvent utiliser le NBS pour mieux adapter un traitement avec le sous-type de cancer et, selon les résultats du traitement, Ramenez les résultats dans la base de données pour affiner et améliorer les thérapies contre le cancer afin qu'elles soient aussi personnalisées que possible pour les individus eux-mêmes.
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