Lundi 24 juin 2013.-Des scientifiques australiens et américains apportent de nouvelles connaissances à la compréhension de la structure tridimensionnelle du génome, l'un des plus grands défis auxquels est actuellement confronté le domaine de la génomique et de la génétique, dont il publie les conclusions dans son édition numérique '' Génétique de la nature ».
Environ trois mètres d'ADN sont étroitement repliés dans le noyau de chaque cellule de notre corps, ce qui permet à certains gènes de «s'exprimer» ou de s'activer, à l'exclusion d'autres. Les docteurs Tim Mercer et John Mattick de l'Institut Garvan pour la recherche médicale à Sydney et le professeur John Stamatoyannopoulos de l'Université de Washington à Seattle ont analysé la structure 3D du génome avec une haute résolution.
Les gènes sont composés «d'exons» et d '«introns», les premiers étant les séquences qui codent et expriment les protéines, et les seconds, des sections d'ADN non codant dans le milieu. Lorsque les gènes sont copiés ou transcrits, à partir de l'ADN dans l'ARN, les séquences d'introns sont coupées ou "épissées" et les exons restants sont enchaînés pour former une séquence codant pour une protéine. Selon les exons qui sont embrochés, le même gène peut générer différentes protéines.
Grâce à l'utilisation de grandes quantités de données du projet ENCODE, le Dr Tim Mercer et ses collègues ont déduit le repliement du génome, constatant que même à l'intérieur d'un gène, les exons sélectionnés sont facilement exposés. "Imaginez une vigne longue et extrêmement compliquée, ses branches torsadées qui présentent des raisins qui peuvent être arrachés facilement, tout en en cachant d'autres hors de leur portée", donne-t-il en exemple. Mercer
"En même temps, imaginez un cueilleur de fruits paresseux qui cueille les raisins à portée de main", ajoute-t-il. "Le même principe s'applique au génome. Des gènes spécifiques et même des exons spécifiques sont à portée de pliage." En ce sens, ce chercheur souligne que ces dernières années, les scientifiques ont commencé à apprécier comment le repliement du génome aide à déterminer comment il est exprimé et régulé.
"Cette étude fournit la première indication que la structure tridimensionnelle du génome peut influencer l'épissage des gènes. Nous pouvons en déduire que le génome se replie de telle manière que la région promotrice, la séquence qui initie la transcription d'un gène, est trouvés à côté des exons et ils sont tous amenés à la machinerie de transcription ", souligne-t-il.
"Cela soutient une nouvelle façon de voir les choses, que le génome se plie autour de la machinerie de transcription, plutôt que l'inverse. Les gènes qui entrent en contact avec la machinerie de transcription obtiennent des copies, tandis que les parties qui orbitent très loin ils sont ignorés », conclut ce chercheur.
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Environ trois mètres d'ADN sont étroitement repliés dans le noyau de chaque cellule de notre corps, ce qui permet à certains gènes de «s'exprimer» ou de s'activer, à l'exclusion d'autres. Les docteurs Tim Mercer et John Mattick de l'Institut Garvan pour la recherche médicale à Sydney et le professeur John Stamatoyannopoulos de l'Université de Washington à Seattle ont analysé la structure 3D du génome avec une haute résolution.
Les gènes sont composés «d'exons» et d '«introns», les premiers étant les séquences qui codent et expriment les protéines, et les seconds, des sections d'ADN non codant dans le milieu. Lorsque les gènes sont copiés ou transcrits, à partir de l'ADN dans l'ARN, les séquences d'introns sont coupées ou "épissées" et les exons restants sont enchaînés pour former une séquence codant pour une protéine. Selon les exons qui sont embrochés, le même gène peut générer différentes protéines.
Grâce à l'utilisation de grandes quantités de données du projet ENCODE, le Dr Tim Mercer et ses collègues ont déduit le repliement du génome, constatant que même à l'intérieur d'un gène, les exons sélectionnés sont facilement exposés. "Imaginez une vigne longue et extrêmement compliquée, ses branches torsadées qui présentent des raisins qui peuvent être arrachés facilement, tout en en cachant d'autres hors de leur portée", donne-t-il en exemple. Mercer
"En même temps, imaginez un cueilleur de fruits paresseux qui cueille les raisins à portée de main", ajoute-t-il. "Le même principe s'applique au génome. Des gènes spécifiques et même des exons spécifiques sont à portée de pliage." En ce sens, ce chercheur souligne que ces dernières années, les scientifiques ont commencé à apprécier comment le repliement du génome aide à déterminer comment il est exprimé et régulé.
"Cette étude fournit la première indication que la structure tridimensionnelle du génome peut influencer l'épissage des gènes. Nous pouvons en déduire que le génome se replie de telle manière que la région promotrice, la séquence qui initie la transcription d'un gène, est trouvés à côté des exons et ils sont tous amenés à la machinerie de transcription ", souligne-t-il.
"Cela soutient une nouvelle façon de voir les choses, que le génome se plie autour de la machinerie de transcription, plutôt que l'inverse. Les gènes qui entrent en contact avec la machinerie de transcription obtiennent des copies, tandis que les parties qui orbitent très loin ils sont ignorés », conclut ce chercheur.
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